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Colores del Escudo:

La simbología es amplia, las franjas amarilla y roja aluden a la provincia donde se establece la Congregación Misioneros Claretianos, son los colores de la bandera de Heredia. Al mismo tiempo, por la naturaleza de la colonia, son los mismos colores de la bandera de España, de donde procede San Antonio María Claret y donde se constituye la Congregación de Misioneros Hijos del Corazón de María (CMF). Es evidente, que en los orígenes del Colegio la mayoría de los misioneros eran españoles y dichos colores eran significativos, tanto para los costarricenses como para los misioneros.

La franja azul, es un elemento unificador; desde el contexto geográfico y político de los estudiantes del antiguo Seminario Menor, los jóvenes provenían de los países centroamericanos que tenían que trasladarse a estudiar a manera de internado en Costa Rica. Por ello, el azul es el color común que tienen todas la banderas centroamericanas de entonces. Este color no solo representa la dimensión centroamericana, sino que también desde la tradición de la Iglesia, el azul se asocia a la Virgen María, y por ser una congregación nacida al amparo del Inmaculado Corazón de María, se identifica con el azul la presencia maternal de María, según la devoción del fundador San Antonio María Claret.

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Símbolos:
Azucena: En la iconografía cristiana o imágenes religiosas a San José, el esposo de la Virgen María, se le representa con una azucena. En la Capilla actual del Colegio Claretiano se encuentra la imagen de San José con la azucena, según algunos, dicha flor se asocia con la pureza, en alusión a que San José fue el custodio de la pureza de la Santísima Virgen María. Por lo tanto, en alusión a la formación en primer lugar de los seminaristas y religiosos, para la vivencia de la pureza, la castidad y posteriormente, en el estudiantado, para que se resalte el valor de aspirar a los valores más altos del cristianismo, en medio de una sociedad hedonista.  Además, ha de recordarse que San José no solo es el patrón de la Arquidiócesis de San José, a la cual pertenece Heredia, sino que es el Patrón de la Iglesia Universal. 

Estrellas: El escudo cuenta con seis estrellas, las cuales representan los seis países centroamericanos, de donde provenían los seminaristas: Guatemala, Honduras, Salvador, Nicaragua, Costa Rica y Panamá. (En ese momento Belice no se había independizado). Este detalle denota el carácter universal de la fe y la propuesta misionera de San Antonio María Claret.
Las seis estrellas son símbolo de la Provincia Claretiana de Centroamerica.

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Libro: La imagen del libro representa la Sabiduría, se asocia al estudio, al conocimiento científico y la razón propia de un centro de estudio, en este caso el sentido es ambivalente, tiene dos valores, la razón y el conocimiento de las Sagradas Escrituras. En palabras de San Juan Pablo II, “Fides et ratzio” “Fe y razón”, es necesario propiciar el diálogo entre la ciencia y la fe, ambas provienen de Dios y ambas desde distintas ópticas, pero complementarias, permiten la formación integral del estudiantado. El carisma claretiano está transversado por la centralidad de la Palabra, son misioneros de la Palabra, y por ello, una característica propia del Colegio Claretiano, aparte de la vivencia de la cordialidad como signo distinto de la fraternidad, es la iluminación de la cultura, de las ciencias, el arte, la tecnología, desde el mensaje cristiano.

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Lirio: Simboliza la pureza y valores que identifican a la comunidad estudiantil.

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La bandera tiene los mismos colores del escudo, es símbolo de la unidad cultural centroamericana, como Provincia de hermanos culturales pertenecientes a un mismo continente.
Simboliza además, la fraternidad de los pueblos de Centroamérica, con diferente cultura.

 

                

CMF significa en la Iglesia: Hijos del Inmaculado Corazón de María, conocidos como Misioneros Claretianos